Según fuentes de Monza, ya hacia 1233, pocos años después de la muerte (1226) y canonización de San Francisco (1228), los Frailes Menores se habrían instalado en el corazón de Monza, construyendo en la amplia plaza de Pratum Magnum el convento y la gran iglesia, de más de 60 metros de longitud, dedicada al fundador. Los frailes fueron inmediatamente bien recibidos en la ciudad, hasta el punto de que la iglesia se convirtió en lugar de enterramientos ilustres, pero en 1784 la orden fue suprimida y el complejo se utilizó como hospital hasta 1792. En 1818 la iglesia fue incorporada al nuevo edificio neoclásico destinado a seminario; las obras de restauración han permitido que resurjan en la fachada algunos vestigios de la arquitectura franciscana.
