Come riferiscono fonti monzesi, già intorno al 1233, a pochi anni di distanza dalla morte (1226) e dalla canonizzazione di San Francesco (1228), i Frati Minori si sarebbero stabiliti nel cuore di Monza, edificando sulla vasta piazza del Pratum Magnum il convento e la grande chiesa, lunga oltre 60 metri, dedicata al fondatore. I frati ebbero subito buona accoglienza in città, tanto che la chiesa divenne luogo di sepolture illustri, ma nel 1784 l’ordine fu soppresso e il complesso fu destinato a sede dell’ospedale fino al 1792. Nel 1818 la chiesa venne inglobata nel nuovo edificio neoclassico destinato a seminario; lavori di restauro hanno consentito di far riemergere alcune tracce di architettura francescana visibili in facciata.