Selon les sources de Monza, vers 1233 déjà, quelques années après la mort (1226) et la canonisation de Saint François (1228), les Frères Mineurs se seraient installés au cœur de Monza, construisant sur la vaste place du Pratum Magnum le couvent et la grande église, de plus de 60 mètres de long, dédiée au fondateur. Les frères furent immédiatement bien accueillis dans la ville, à tel point que l'église devint un lieu de sépultures illustres, mais en 1784 l'ordre fut supprimé et le complexe fut utilisé comme hôpital jusqu'en 1792. En 1818, l'église fut intégrée au nouveau bâtiment néoclassique destiné à accueillir un séminaire ; des travaux de restauration ont permis de faire réapparaître quelques traces de l'architecture franciscaine sur la façade.
