La fresque principale de l'église représente la Madone et a été commandée par l'abbesse du couvent. Vers l'an 1081, le couvent passa des religieuses à la famille Archinto, la lignée milanaise qui exprima le célèbre Filippo Archinto, cet archevêque de Milan qui fut l'homme de confiance de l'empereur espagnol Charles Quint en Italie. En 1581, San Carlo Borromeo visita l'église de S. Maria et la trouva dans un état de délabrement total, il ordonna donc sa remise en état. Les habitants de Binzago décidèrent alors de la rendre au culte.
Les fresques à l'intérieur datent en partie du XVe siècle et en partie du XVIIe siècle. En 1930, une importante restauration de l'édifice a été effectuée et en 1933, il a été consacré, dans l'état visible aujourd'hui, par le cardinal de Milan Ildefonso Schuster.
Le Sanctuaire est l'une des étapes du Chemin de Saint Augustin.
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