Cómo refieren las fuentes de Monza, ya alrededor del año 1233, pocos años después de la muerte (1226) y canonización de San Francesco (1228), los Frailes menores se establecieron en el centro de Monza, construyendo en la gran plaza del Pratum Magnum un convento y una gran Iglesia, más de 60 metros de largo, dedicada al fundador. Los Frailes fueron inmediatamente bien recibidos en la ciudad, por lo que la iglesia se convirtió en un lugar de enterramientos de personajes famosos, hasta que en 1784 la Orden fue suprimida y el edificio fue utilizado como hospital hasta 1792. En 1818 la Iglesia fue incorporada al nuevo edificio neoclásico destinado al seminario; los trabajos de remodelación han permitido destacar algunos restos de la arquitectura franciscana visibles en la fachada.