L’antico convento di S. Margherita, fondato dagli Umiliati nel XIII secolo, trae in parte la sua fama dalla celebre vicenda della Monaca di Monza, romanzata dal Manzoni nei Promessi Sposi. Marianna de Leyva era erede della nobile famiglia allora titolare del feudo di Monza; a soli 16 anni, con il nome di suor Virginia, diventa monaca nel convento monzese, le cui mura vedranno la drammatica relazione con Gian Paolo Osio, l’Egidio manzoniano, conclusasi nel 1608 con la condanna a morte dell’Osio e la reclusione di suor Virginia.
L’attuale chiesa fu edificata nel 1736; la facciata in cotto è vivacizzata dal portale marmoreo, mentre l’interno, a navata unica, è riccamente affrescato pochi anni più tardi da Carlo Innocenzo Carloni, artista di reputazione internazionale, stimatissimo per le sue opere in Austria, Germania e repubblica Ceca, che produce su queste pareti e nel vicino Duomo di Monza un ciclo pittorico di nobile ricercatezza. Dalla fine del XIX secolo alla chiesa viene accorpato il titolo della vicina chiesa di San Maurizio, demolita per l’ampliamento della via Vittorio Emanuele II.
